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案例技能关于
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bio-hi-c-analysis-hic-data-io - Hi-C 数据输入输出与矩阵操作

使用 cooler 和 hic2cool 加载、转换、读取、合并、降采样及导出 Hi-C 接触矩阵数据。

标签

更新于: 2026-09-16
hi-ccoolerhic2cool基因组学接触矩阵数据输入输出

能力

加载 cool 与 mcool 文件获取 bin 与像素点信息提取接触矩阵与子矩阵将 hic 文件转换为 cooler

典型输入

.cool 与 .mcool 文件.hic 文件基因组染色体尺寸与 pairs 数据

典型输出

Cooler 文件（.cool、.mcool）导出的矩阵文件（.npy、.txt、.csv）转储的 pairs 与 bins 文本文件

该技能可以做什么

  • 加载 cool 与 mcool 文件
  • 获取 bin 与像素点信息
  • 提取接触矩阵与子矩阵
  • 将 hic 文件转换为 cooler
  • 从矩阵创建 cooler 文件
  • 合并与降采样 cooler 文件
  • 导出矩阵数据至文件

输入

  • .cool 与 .mcool 文件
  • .hic 文件
  • 基因组染色体尺寸与 pairs 数据
  • 接触矩阵数组

输出

  • Cooler 文件（.cool、.mcool）
  • 导出的矩阵文件（.npy、.txt、.csv）
  • 转储的 pairs 与 bins 文本文件

要求

  • Python
  • cooler
  • hic2cool
  • numpy
  • pandas
  • bioframe
  • scipy

来源

  • 规范: SKILL.md

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