bio-hi-c-analysis-tad-detection - 从 Hi-C 数据中识别 TAD 及边界结构
使用绝缘分数与 HiCExplorer 等方法从 Hi-C 接触矩阵中识别拓扑相关结构域（TAD）及其边界。
标签
更新于: 2026-09-18能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 计算 Hi-C 绝缘分数
- 识别 TAD 结构域边界
- 提取 TAD 区域区间
- 统计 TAD 尺寸分布
- 绘制绝缘分数轨道图
- 比较不同条件下的边界
- 分析多尺度层级 TAD
- 导出 TAD 区域与边界文件
输入
- Hi-C 接触矩阵文件
- 边界 BED 文件
- 染色体视图框架注释
输出
- TAD 区间 BED 文件
- 边界位置 BED 文件
- 绝缘分数 bedGraph 文件
- TAD 尺寸分布图
- 绝缘分数轨道图
要求
- 包含 cooler 与 cooltools 的 Python 环境
- HiCExplorer 命令行工具
- bioframe、pandas、numpy 及 matplotlib 依赖库