bio-longread-qc - 长读长测序质量控制工具
使用 NanoPlot、NanoStat 和 chopper 进行长读长测序数据质量控制
标签
更新于: 2026-03-21能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 生成 QC 报告
- 按质量过滤 reads
- 按长度过滤 reads
- 可视化 read 特征
- 计算测序统计
- 剪切接头
- 解析 FASTQ 质量
输入
- FASTQ 文件
- BAM 文件
- 测序摘要文件
- 质量阈值
- 长度阈值
- 线程数
输出
- QC 统计文件
- QC 报告 HTML
- 长度质量散点图
- read 长度直方图
- 累积产量图
- 过滤后的 FASTQ 文件
- 剪切后的 FASTQ 文件
要求
- BioPython 1.83+
- numpy 1.26+
- NanoPlot
- NanoStat
- chopper
- Python 3