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bio-metabolomics-xcms-preprocessing - 使用 XCMS 预处理非靶向 LC-MS 数据

在 R 中使用 XCMS 对 mzML 文件进行 LC-MS 特征提取、保留时间校正、峰匹配、缺失峰填补、冗余削减和质控过滤。

标签

更新于: 2026-10-03
代谢组学LC-MSxcmsR特征提取mzML数据预处理

能力

读取 mzML 实验检测色谱峰校正保留时间匹配对应峰

典型输入

质心化 mzML 文件样本元数据XCMS 参数对象

典型输出

特征-样本矩阵处理后的 XcmsExperiment特征定义

该技能可以做什么

  • 读取 mzML 实验
  • 检测色谱峰
  • 校正保留时间
  • 匹配对应峰
  • 填补缺失峰面积
  • 合并特征冗余
  • 过滤质控特征

输入

  • 质心化 mzML 文件
  • 样本元数据
  • XCMS 参数对象
  • 样本分组标签
  • 质控和研究样本索引

输出

  • 特征-样本矩阵
  • 处理后的 XcmsExperiment
  • 特征定义
  • 保留时间校正图
  • CAMERA 峰列表
  • 质控过滤后的特征

要求

  • R 运行环境
  • xcms 4.x 或更高版本
  • Spectra 1.12 或更高版本
  • CAMERA 1.58 或更高版本
  • 使用 CentWave 时需质心化 LC-MS 数据

来源

  • 规范: SKILL.md

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