bio-metabolomics-xcms-preprocessing - 使用 XCMS 预处理非靶向 LC-MS 数据
在 R 中使用 XCMS 对 mzML 文件进行 LC-MS 特征提取、保留时间校正、峰匹配、缺失峰填补、冗余削减和质控过滤。
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更新于: 2026-10-03该技能可以做什么
- 读取 mzML 实验
- 检测色谱峰
- 校正保留时间
- 匹配对应峰
- 填补缺失峰面积
- 合并特征冗余
- 过滤质控特征
输入
- 质心化 mzML 文件
- 样本元数据
- XCMS 参数对象
- 样本分组标签
- 质控和研究样本索引
输出
- 特征-样本矩阵
- 处理后的 XcmsExperiment
- 特征定义
- 保留时间校正图
- CAMERA 峰列表
- 质控过滤后的特征
要求
- R 运行环境
- xcms 4.x 或更高版本
- Spectra 1.12 或更高版本
- CAMERA 1.58 或更高版本
- 使用 CentWave 时需质心化 LC-MS 数据
