带有该标签的 Skills：代谢组学

• code-repository-analysis - 验证代码仓库的具体实现细节并对比工具功能。

  代码分析生物信息学功能验证依赖映射

  ★ 15 · 更新于 2026-09-22

  从软件仓库源代码与文档中提取实现细节，构建综合的功能清单与对比分析表。

  ⚙ 克隆源代码仓库⚙ 检查管道代码⚙ 交叉比对依赖项声明
• validated-link-enrichment-analysis - 使用 Fisher 精确检验评估 GCF-MF 关联预测富集

  代谢物组学基因组学富集分析Fisher精确检验

  ★ 15 · 更新于 2026-09-21

  通过 Fisher 精确检验评估高分 GCF-MF 关联预测是否在实验验证对中显著富集。

  ⚙ 应用得分百分位阈值⚙ 计算已验证关联比例⚙ 执行 Fisher 精确检验
• validated-link-proportional-comparison - 比较不同打分类别中已验证GCF-MF链接的富集情况。

  代谢组学基因组学Fisher精确检验链接打分

  ★ 15 · 更新于 2026-09-21

  使用比例分析和Fisher精确检验比较不同打分分类中已验证GCF-MF链接的富集情况。

  ⚙ 将链接划分为打分分类⚙ 计算已验证链接比例⚙ 计算Fisher精确检验p值
• metabolite-feature-clustering-by-retention-time - 基于保留时间的代谢物特征聚类

  代谢组学质谱特征聚类保留时间

  ★ 15 · 更新于 2026-09-21

  依据保留时间相似性和跨样本强度相关性模式，将源自同种代谢物的质谱特征进行聚类整合。

  ⚙ 聚类质谱特征⚙ 计算保留时间相似度⚙ 计算样本强度相关性
• metabolomics-msdial-preprocessing - 使用 MS-DIAL 进行液相色谱-质谱代谢组学数据预处理

  ms-dial代谢组学液质联用预处理

  ★ 97 · 更新于 2026-09-21

  使用 MS-DIAL 进行液相色谱-质谱代谢组学数据预处理，涵盖峰检测、对齐、注释、过滤及导出至 R 和 Python。

  ⚙ 检测色谱峰⚙ 跨样本对齐色谱峰⚙ 结合数据库注释代谢物
• spectral-peak-intensity-normalization - 归一化 LC-MS/MS 样品的 m/z 质谱峰强度。

  代谢组学液相色谱-质谱归一化批次矫正

  ★ 15 · 更新于 2026-09-21

  对 LC-MS/MS 样品的 m/z 质谱峰强度进行归一化，以消除批次效应、浓度差异和技术变异。

  ⚙ 矫正批次与浓度变异⚙ 过滤低强度 m/z 特征⚙ 归一化峰强度数据
• natural-product-classifier-substitution - 在 ConCISE 中使用 NPClassifier 替换 ClassyFire

  代谢组学concisenpclassifiergnps

  ★ 15 · 更新于 2026-09-20

  在 GNPS 无法提供 ClassyFire 数据时，于 ConCISE 中改用 NPClassifier 进行天然产物共识分类。

  ⚙ 在 ConCISE 中启用 NPClassifier 模式⚙ 从结构标注导出 NPClassifier 分类本体⚙ 生成天然产物共识分类结果文件
• rippp-candidate-structure-generation - 生成 RiPP 前体肽的拟议翻译后修饰变体

  代谢组学核糖体合成和翻译后修饰肽质谱基因组挖掘

  ★ 15 · 更新于 2026-09-20

  根据类别修饰规则枚举 RiPP 前体肽的翻译后修饰变体，构建用于下游谱图匹配的结构数据库。

  ⚙ 枚举前体肽的 PTM 变体⚙ 构建特定类别的 RiPP 结构数据库⚙ 映射前体元数据与候选结构
• hmdb-database - 访问人类代谢组数据库以检索代谢物信息

  代谢组学数据库代谢物生物信息学

  ★ 2 · 更新于 2026-09-19

  搜索、检索并下载包含化学性质、生物标志物关联、光谱和通路的人类代谢物数据。

  ⚙ 按文本搜索代谢物⚙ 按化学结构搜索代谢物⚙ 按光谱数据搜索代谢物
• metabolic-module-significance-calculation - 计算代谢模块对样本特征的显著性统计量

  代谢组学WGCNAMetaboDiff模块显著性

  ★ 15 · 更新于 2026-09-19

  计算模块显著性统计量，评估代谢相关性模块与类别样本特征的统计显著关联。

  ⚙ 计算模块显著性统计量⚙ 绘制模块特征关联图⚙ 提取显著代谢相关模块
• cnn-inference-on-spectral-data - 使用 CNN 从二级质谱数据生成分子嵌入向量

  质谱代谢组学卷积神经网络推理

  ★ 15 · 更新于 2026-09-19

  将预处理的二级质谱数据输入已训练的 CNN 模型，提取用于下游代谢物匹配的多维分子嵌入向量。

  ⚙ 加载预处理的 MS/MS 质谱数据⚙ 初始化已训练的 CNN 模型⚙ 提取分子嵌入向量
• ion-to-molecule-relationship-mapping - 构建 LC-MS 离子与预测分子的二分网络图

  代谢组学液质联用二分网络cytoscape

  ★ 15 · 更新于 2026-09-18

  将预测分子与亲本离子构建为二分网络图，导出供 Cytoscape 可视化的网络文件。

  ⚙ 构建二分网络图⚙ 分配分子与离子属性⚙ 导出网络与表格文件
• feature-metadata-extraction-from-clustering-objects - 从 RAMClustR 聚类对象提取光谱元数据。

  代谢组学质谱ramclustrxcms

  ★ 15 · 更新于 2026-09-18

  从 RAMClustR 对象中提取质荷比、强度对、保留时间和分子量注释，用于后续光谱格式转换。

  ⚙ 从 RAMClustR 对象提取光谱元数据⚙ 验证聚类保留时间一致性⚙ 映射元数据至目标软件结构
• ms1-feature-extraction - 结合MS1化学预测因子排序LC-HRMS特征

  LC-MS代谢组学疑似物筛查特征提取

  ★ 15 · 更新于 2026-09-18

  整合MS1化学预测因子以计算特征-疑似物亲和性得分，并在LC-HRMS筛查中排序候选化合物。

  ⚙ 计算质量误差距离得分⚙ 计算保留时间亲合度⚙ 匹配理论同位素分布
• precursor-mz-window-filtering - 通过母离子 m/z 窗口过滤质谱生成训练负例。

  质谱代谢组学数据增强母离子 m/z

  ★ 15 · 更新于 2026-09-18

  按母离子 m/z 接近度过滤质谱，在指定质量窗口内生成用于模型训练的负例样本。

  ⚙ 按母离子 m/z 过滤质谱⚙ 生成跨质谱负例样本⚙ 按目标比例下采样数据集
• spectral-metadata-integration - 在 DDA LC-MS 中整合二级质谱与特征分组

  代谢组学液相色谱-质谱数据依赖性采集质谱整合

  ★ 15 · 更新于 2026-09-18

  在 DDA LC-MS 流程中提取、整合并标注特征组离子的二级质谱、同位素关系及加合物信息。

  ⚙ 从原始数据提取二级质谱扫描⚙ 选择代表性二级质谱⚙ 标注质谱元数据
• mass-spectrometry-target-list-preparation - 准备适用于 LC-MS 分析的 TARDIS 兼容目标列表。

  质谱液质联用代谢组学tardis

  ★ 15 · 更新于 2026-09-17

  加载化合物表格，按离子化极性进行筛选，并提取化合物元数据生成用于 LC-MS 分析的标准数据框。

  ⚙ 加载化合物表格文件⚙ 按离子化极性筛选目标⚙ 提取化合物元数据列
• positional-encoding-for-spectral-sequences - 为 IDSL_MINT 质谱序列张量添加位置编码

  代谢组学质谱分析位置编码Transformer

  ★ 15 · 更新于 2026-09-17

  为 IDSL_MINT 中 Transformer 编码器层的质谱 m/z-强度对嵌入顺序和序列信息。

  ⚙ 计算正弦位置编码⚙ 添加位置编码到质谱嵌入⚙ 准备质谱输入张量
• pyopenms - 用于质谱数据处理与分析的 Python 平台

  质谱分析蛋白质组学代谢组学pyopenms

  ★ 650 · 更新于 2026-09-16

  提供用于计算质谱的 OpenMS Python 接口，支持蛋白质组学与代谢组学数据处理、特征检测及肽段鉴定。

  ⚙ 加载质谱数据文件⚙ 过滤与平滑光谱信号⚙ 检测与关联质谱特征
• pyopenms - 面向质谱数据分析的 Python 接口

  质谱分析蛋白质组学代谢组学pyopenms

  ★ 2 · 更新于 2026-09-16

  PyOpenMS 提供 OpenMS 的 Python 接口，用于蛋白质组学和代谢组学质谱数据的处理、特征检测与鉴定。

  ⚙ 加载质谱数据文件格式⚙ 处理质谱原始光谱数据⚙ 检测并关联光谱特征

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