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bio-pathway-gsea - 基因集富集分析工具

使用clusterProfiler对排序基因列表执行GSEA,无需任意阈值即可检测协同表达变化。

标签

更新于: 2026-03-19
生物信息学基因表达富集分析通路分析GSEAGOKEGGclusterProfiler

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 运行GSEA分析
  • 执行GO富集
  • 执行KEGG富集
  • 分析自定义基因集
  • 读取GMT文件
  • 导出分析结果

输入

  • 差异表达结果
  • 排序基因列表
  • 物种数据库
  • GMT文件
  • MSigDB基因集

输出

  • GSEA结果
  • 富集分数
  • p值
  • 核心富集基因
  • CSV文件

要求

  • R环境
  • clusterProfiler包
  • 物种数据库
  • 基因ID映射

来源

  • 规范: SKILL.md
运行GSEA分析
执行GO富集
执行KEGG富集
分析自定义基因集
差异表达结果
排序基因列表
物种数据库
GSEA结果
富集分数
p值