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bio-phylo-tree-manipulation - 修改系统发育树结构

使用 Biopython 修改系统发育树结构

标签

更新于: 2026-05-11

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 使用外群定根
  • 中点定根
  • 梯形化树
  • 修剪分类单元
  • 折叠分支
  • 提取子树
  • 遍历树节点
  • 查找分支
  • 获取节点间路径
  • 检查树属性
  • 修改分支长度
  • 重命名分类单元
  • 统计节点
  • 获取树深度
  • 拆分分支
  • 生成随机树

输入

  • Newick 树文件
  • 外群分类单元
  • 目标分类单元名称
  • 分支长度阈值
  • 置信度阈值
  • 名称映射

输出

  • 修改后的 Newick 树文件
  • 有根树
  • 梯形化树
  • 修剪后的树
  • 折叠后的树
  • 子树
  • ASCII 树表示

要求

  • Python 环境
  • Biopython 库

来源

  • 规范: SKILL.md
系统发育
树操作
Biopython
生物信息学
进化生物学
使用外群定根
中点定根
梯形化树
修剪分类单元
Newick 树文件
外群分类单元
目标分类单元名称
修改后的 Newick 树文件
有根树
梯形化树