bulk-rna-seq-batch-correction-with-combat - 使用ComBat进行批量RNA-seq批次校正
使用omicverse的pyComBat包装器消除合并的批量RNA-seq或微阵列队列的批次效应
标签
更新于: 2026-02-23能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读取表达矩阵
- 拼接基因表达数据
- 运行ComBat批次校正
- 导出校正后矩阵
- 创建PCA可视化
输入
- pickled表达矩阵
- CSV表达表
- 样本元数据
- 批次信息
输出
- 校正后的表达矩阵
- 原始表达矩阵
- 统一的AnnData文件
- PCA嵌入图
- 校正前后箱线图
要求
- Python环境
- omicverse库
- pandas库
- anndata库
- matplotlib库