galaxy-automation - 使用 BioBlend 和 Planemo 自动化 Galaxy 工作流
使用 BioBlend 和 Planemo 自动化 Galaxy 工作流，包括调用、状态监控、错误处理、批处理和数据集管理。
标签
更新于: 2026-10-08能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 连接 Galaxy 服务器
- 管理 Galaxy 历史记录
- 调用 Galaxy 工作流
- 轮询调用状态
- 处理工作流失败
- 重新运行失败调用
- 上传并检查数据集
- 创建数据集集合
- 使用 Planemo 测试工作流
- 以编程方式处理批次
输入
- Galaxy 服务器 URL
- Galaxy API 密钥
- 工作流 ID
- 历史记录 ID 或名称
- 工作流输入映射
- 数据集文件或 ID
- 数据集集合 ID
- 重新运行参数
- 作业 YAML 文件
- 轮询设置
输出
- 调用 ID
- 调用状态更新
- 工作流步骤状态
- 失败分类
- 已上传数据集
- 数据集集合
- 历史记录内容
- 工作流测试结果
- 错误消息
要求
- Python 运行环境
- BioBlend 软件包
- Planemo 软件包
- Galaxy 服务器访问权限
- 有效的 Galaxy API 密钥