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genomeark-aws - 访问 GenomeArk AWS S3 获取 VGP 数据

访问和浏览 GenomeArk AWS S3 公共存储桶中的脊椎动物基因组项目组装数据和质控数据

标签

更新于: 2026-03-24
基因组学AWS S3脊椎动物基因组项目数据存储库质量质控

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 读取基因组组装文件
  • 读取质控指标
  • 读取 meryl 直方图
  • 提取组装日期
  • 列出物种目录
  • 验证数据路径

输入

  • GenomeArk S3 存储桶
  • 物种名称
  • ToLID 样本标识符
  • 组装类型
  • 组装版本
  • 数据类型
  • FASTA 文件名

输出

  • 基因组组装文件
  • GenomeScope 指标
  • BUSCO 指标
  • Merqury 指标
  • meryl 直方图
  • 组装日期

要求

  • 网络连接
  • AWS CLI

来源

  • 规范: SKILL.md
读取基因组组装文件
读取质控指标
读取 meryl 直方图
提取组装日期
GenomeArk S3 存储桶
物种名称
ToLID 样本标识符
基因组组装文件
GenomeScope 指标
BUSCO 指标