kegg-pathway-analysis - DEG 结果的 KEGG 通路富集分析指南
指导对差异表达基因结果进行 KEGG 通路富集，涵盖 ORA、GSEA、方向拆分、物种代码、API 故障回退、条件比较和结果优先报告。
标签
更新于: 2026-10-05能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 选择 ORA 或 GSEA
- 按方向拆分 ORA 基因
- 选择 KEGG 物种代码
- 验证基因标识符格式
- 定义背景基因集
- 处理 KEGG API 故障
- 使用离线基因集
- 缓存通路数据
- 应用多重检验校正
- 比较不同条件的富集结果
- 优先报告通路结果
输入
- 差异表达结果
- 物种代码
- 基因标识符类型
- 显著基因列表
- 排序基因列表
- 背景基因集
- 检验方法
- 通路范围
- 显著性阈值
输出
- ORA 或 GSEA 结果
- 按方向区分的富集结果
- 显著通路 ID
- 显著通路数量
- 多重检验校正统计量
- 跨条件通路比较结果
- 缓存的通路数据
要求
- 安装 clusterProfiler 的 R 环境或安装 gseapy 的 Python 环境
- KEGG API 访问权限或离线基因集