molecular-dynamics-guide - 设置和分析分子动力学模拟
使用 GROMACS 和 OpenMM 设置、运行和分析分子动力学模拟
标签
更新于: 2026-03-25能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 准备模拟系统
- 处理 PDB 结构
- 生成拓扑文件
- 溶剂化系统
- 添加反离子
- 最小化能量
- 平衡系统
- 运行生产模拟
- 分配力场
- 分析轨迹
- 计算 RMSD
- 计算 RMSF
- 计算回转半径
- 分析氢键
- 执行伞形采样
- 运行自由能微扰
- 计算自由能曲线
输入
- PDB 结构文件
- 力场参数
- 轨迹文件
- 拓扑文件
- 模拟参数
输出
- 模拟轨迹
- RMSD 数据
- RMSF 数据
- 氢键数据
- 自由能曲线
要求
- GROMACS
- OpenMM
- MDAnalysis
- Python 环境
- GPU 支持（可选）