nested-TAD-detection - 使用OnTAD从Hi-C数据中检测嵌套TAD结构
使用OnTAD从.cool、.mcool或.hic格式的Hi-C接触图谱中检测层级（嵌套）TAD结构，提取指定染色体的稠密矩阵并生成标准化的TAD调用文件。
标签
更新于: 2026-06-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 列出mcool可用分辨率
- 统一染色体命名
- 导出染色体信息
- 提取Hi-C稠密矩阵
- 运行OnTAD TAD检测
- 生成BED格式TAD注释文件
输入
- Hi-C矩阵文件（.mcool、.cool或.hic）
- 染色体名称
- 分辨率（bp）
- 基因组组装版本
- 样本名称
- 染色体长度
输出
- Hi-C稠密矩阵文件
- OnTAD TAD调用文件（.tad）
- BED格式TAD注释文件（.bed）
- 矩阵提取与OnTAD运行的日志文件
要求
- PATH中可用cooler命令行工具
- 已安装并可调用OnTAD可执行文件
- Python 3.x及科学计算Python库
- 需cooler-tools、OnTAD-tools和project-init-tools服务器的MCP工具