pdb-database - 访问 RCSB PDB 蛋白质与核酸三维结构数据库
通过文本、序列或结构相似性查询，从 RCSB PDB 仓库中搜索、检索并下载生物大分子三维结构数据及元信息。
标签
更新于: 2026-06-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 按文本搜索 PDB 结构
- 按序列相似性搜索 PDB
- 按结构相似性搜索 PDB
- 按属性查询 PDB 条目
- 使用逻辑运算符组合查询
- 获取 PDB 条目元数据
- 下载 PDB 格式坐标文件
- 下载 mmCIF 格式坐标文件
- 下载生物组装体文件
- 获取聚合体实体信息
- 执行 GraphQL 查询 PDB 数据
- 批量处理多个 PDB 条目
- 提取实验方法详细信息
- 获取分辨率与质量指标
输入
- PDB 条目 ID
- 搜索关键词或文本查询
- 蛋白质或核酸序列
- 结构相似性搜索参数
- 属性查询参数
- GraphQL 查询语句
输出
- PDB 结构搜索结果列表
- PDB 格式坐标文件
- mmCIF 格式坐标文件
- 结构元数据与实验详细信息
- 批量结构信息报告
要求
- Python 运行环境
- 已安装 rcsb-api Python 包
- 可访问 RCSB PDB 服务器的网络连接