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pdb-database - 访问RCSB PDB蛋白质与核酸三维结构数据库

从RCSB PDB搜索、检索和下载生物大分子三维结构及元数据,用于结构生物学与药物发现研究。

标签

更新于: 2026-06-30

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 按文本搜索结构
  • 按属性搜索结构
  • 按序列相似性搜索
  • 按结构相似性搜索
  • 检索结构条目数据
  • 下载PDB坐标文件
  • 下载mmCIF坐标文件
  • 获取结构元数据
  • 批量查询多个结构
  • 执行GraphQL查询

输入

  • PDB条目ID
  • 搜索关键词
  • 蛋白质或核酸序列
  • 查询参数
  • GraphQL查询语句

输出

  • 结构坐标文件
  • 结构元数据记录
  • 搜索结果列表
  • 条目信息数据

要求

  • rcsb-api Python包
  • RCSB PDB服务器网络访问
  • BioPython库用于结构解析(可选)

来源

  • 规范: SKILL.md

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