pydeseq2 - 分析 bulk RNA-seq 差异表达
使用 PyDESeq2 分析 bulk RNA-seq 计数数据，支持多因素设计、Wald 检验、FDR 校正和可选绘图。
标签
更新于: 2026-10-01该技能可以做什么
- 加载计数矩阵
- 验证样本元数据
- 过滤低计数基因
- 指定多因素设计
- 拟合 DESeq2 模型
- 执行 Wald 检验
- 进行 FDR 校正
- 收缩对数倍数变化
- 导出分析结果
- 生成火山图和 MA 图
输入
- bulk RNA-seq 计数矩阵
- 样本元数据
- 设计公式
- 对比条件
- 分析参数
- AnnData 数据集
输出
- 差异表达结果
- 显著基因表
- 火山图
- MA 图
- 序列化分析对象
- 分析状态消息
要求
- Python 环境
- PyDESeq2 软件包
- pandas 软件包
- 兼容的计数表和元数据表