scrna-seq-qc - 单细胞 RNA 测序数据的质控、注释与可视化
处理、质控、注释及可视化跨组织和物种的单细胞或单核 RNA 测序数据集。
标签
更新于: 2026-09-19能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 使用自定义质控阈值过滤细胞
- 使用 scDblFinder 检测双细胞
- 过滤环境 RNA 指标
- 使用 scVI 构建隐空间
- 通过参考图谱映射注释细胞
- 通过标记基因注释细胞
- 生成全局 UMAP 图表
- 生成按组 UMAP 图表
输入
- 包含原始计数的 AnnData 对象
- 按样本和批次划分的元数据
- 参考图谱和标记基因面板
- 10x 格式矩阵数据包目录
输出
- 过滤后的 h5ad 数据集文件
- 质控汇总表
- 阈值依据图表
- 参数清单文件
- UMAP 可视化图表及坐标
- HTML 评审报告
- 分析状态 JSON 文件
要求
- Python 和 R 运行环境
- scDblFinder 软件包
- Scanpy 和 scVI 软件包
- MapMyCells 或 cell_type_mapper 工具