single-cell-multi-omics-integration - 单细胞多组学整合
涵盖 MOFA、GLUE 配对、SIMBA 整合、TOSICA 迁移及 StaVIA 轨迹映射的 OmicVerse 教程速查表。
标签
更新于: 2026-09-16能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 整合配对的转录组与染色质可及性
- 结合 GLUE 与 MOFA 整合未配对数据
- 运行 SIMBA 批次效应整合
- 使用 TOSICA 迁移细胞类型注释
- 使用 StaVIA 进行细胞轨迹绘图
输入
- 预处理的 RNA 及 ATAC AnnData 对象
- GLUE 导出的嵌入向量文件
- 参考 AnnData 与基因集 GMT 文件
- 单细胞 RNA 速率数据集
输出
- MOFA HDF5 因子模型文件
- 包含 SIMBA 嵌入的整合 AnnData
- TOSICA 模型检查点与项目文件夹
- 伪时间分析图与 GIF 轨迹流向动画
要求
- mofapy2 软件包
- scglue 与 scvi-tools 软件包
- simba 与 simba_pbg 软件包
- PyTorch Transformer 运行环境
- scvelo 与 pyVIA 软件包