bio-basecalling - 使用Dorado进行Nanopore碱基调用
使用Dorado basecaller将Nanopore原始信号数据转换为核苷酸序列
标签
更新于: 2026-03-23能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 转换FAST5为POD5
- 合并POD5文件
- 检查POD5读取
- 子集化POD5文件
- 运行碱基调用
- 选择Dorado模型
- 检测修饰碱基
- 配置GPU设备
- 设置批处理大小
- 运行双链调用
- 解复用读取
- 修剪接头
- 按质量过滤序列
- 生成QC报告
输入
- FAST5文件
- POD5文件
- Dorado模型
- GPU设备
- 批处理大小
- 试剂盒名称
输出
- BAM文件
- FASTQ文件
- 修饰碱基调用
- 过滤后序列
- QC报告
- 解复用文件
要求
- Dorado
- 支持CUDA的GPU
- 命令行界面