bio-chipseq-qc - ChIP-seq质量控制
计算FRiP、NSC/RSC、文库复杂度和IDR指标用于ChIP-seq质量评估
标签
更新于: 2026-05-28能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 计算FRiP指标
- 计算NSC指标
- 计算RSC指标
- 计算NRF指标
- 计算PBC1指标
- 计算PBC2指标
- 运行IDR分析
- 比较生物学重复
- 生成指纹图谱
- 计算TSS富集度
- 绘制样本相关性图
- 生成QC报告
输入
- ChIP-seq BAM文件
- 峰值文件
- 对照输入BAM文件
- 重复样本BAM文件
输出
- FRiP得分
- NSC值
- RSC值
- NRF得分
- PBC1得分
- PBC2得分
- IDR结果
- 指纹图谱
- 相关性热图
- QC报告
要求
- deepTools工具
- phantompeakqualtools工具
- IDR工具
- bedtools工具
- samtools工具
- macs3工具
- Python及pysam库
- R及spp包