bio-chipseq-qc - ChIP-seq质量控制指标
计算ChIP-seq质量控制指标，包括FRiP、交叉相关性、文库复杂度和IDR，用于实验评估
标签
更新于: 2026-05-28该技能可以做什么
- 计算FRiP
- 计算NSC
- 计算RSC
- 计算NRF
- 计算PBC1
- 计算PBC2
- 运行IDR分析
- 生成指纹图
- 生成交叉相关性图
- 生成相关性热图
输入
- ChIP-seq BAM文件
- peak文件
- input BAM文件
输出
- FRiP分数
- NSC值
- RSC值
- NRF值
- PBC1值
- PBC2值
- IDR结果
- 指纹图
- 交叉相关性图
- 相关性热图
要求
- bedtools
- samtools
- deepTools
- phantompeakqualtools
- R
- R spp包
- pysam
- pybedtools