bio-consensus-sequences - 使用 bcftools 根据 VCF 变异生成共识 FASTA 序列
使用 bcftools consensus 将 VCF 变异应用到参考序列上，以生成共识 FASTA 序列。
标签
更新于: 2026-09-24能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 将 VCF 变异应用至参考序列
- 提取特定样本单倍型
- 编码 IUPAC 模糊碱基代码
- 遮蔽低覆盖度基因组区域
- 生成坐标转换 Chain 文件
- 规范化 VCF 变异记录
输入
- 参考 FASTA 文件
- VCF 变异文件
- BED 遮蔽文件
- BAM 比对文件
输出
- 共识 FASTA 文件
- 坐标 Chain 文件
要求
- bcftools 1.19+
- samtools 1.19+
- bedtools 2.31+
- minimap2 2.26+
- BioPython 1.83+
- cyvcf2