bio-epidemiological-genomics-phylodynamics - 时间标度系统发育与进化动力学分析
使用 TreeTime 和 BEAST2 构建时间标度系统发育树并推断进化动力学
标签
更新于: 2026-03-22能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建时间标度系统发育树
- 估算分子钟速率
- 重建祖先序列
- 分析离散性状
- 提取种群大小轨迹
- 准备 BEAST2 XML 配置
输入
- 基因组序列比对
- 系统发育树
- 样本采集日期
- 地理位置状态
- BEAST2 XML 模板
输出
- 时间标度系统发育树
- 祖先序列
- 分子钟速率
- 溯祖 skyline
- BEAST2 XML 配置
要求
- Python 3.x
- BioPython 1.83+
- TreeTime 0.11+
- BEAST2