bio-longread-qc - 长读长测序数据质量控制
使用NanoPlot、NanoStat和chopper对长读长测序数据进行质量控制
标签
更新于: 2026-03-21能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读取FASTQ文件
- 读取BAM文件
- 读取测序摘要文件
- 按长度过滤reads
- 按质量过滤reads
- 修剪序列接头
- 生成质量图
- 生成长度分布图
- 计算统计摘要
- 计算N50值
- 生成质控报告
- 导出过滤后reads
输入
- FASTQ文件
- BAM文件
- 测序摘要文件
- 质量阈值
- 长度阈值
输出
- 质控报告HTML文件
- PNG图像
- PDF图像
- 统计文本文件
- 过滤后FASTQ文件
要求
- Python 3.x
- BioPython 1.83+
- numpy 1.26+
- NanoPlot
- NanoStat
- chopper