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案例技能关于
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bio-single-cell-clustering - 单细胞RNA测序聚类分析

使用Seurat或Scanpy对单细胞RNA测序数据进行降维和聚类

标签

更新于: 2026-03-20
单细胞聚类生物信息学降维scRNA-seq

能力

运行PCA计算近邻图运行Leiden聚类运行Louvain聚类

典型输入

单细胞RNA测序数据AnnData对象Seurat对象

典型输出

聚类标签PCA坐标UMAP坐标

该技能可以做什么

  • 运行PCA
  • 计算近邻图
  • 运行Leiden聚类
  • 运行Louvain聚类
  • 生成UMAP嵌入
  • 生成tSNE嵌入
  • 计算PAGA

输入

  • 单细胞RNA测序数据
  • AnnData对象
  • Seurat对象
  • 主成分数量
  • 近邻数量
  • 分辨率

输出

  • 聚类标签
  • PCA坐标
  • UMAP坐标
  • tSNE坐标
  • 聚类图

要求

  • R环境及Seurat库
  • Python环境及Scanpy库

来源

  • 规范: SKILL.md

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