bio-spatial-transcriptomics-spatial-domains - 空间转录组空间域检测
使用表达和空间上下文聚类识别空间域和组织区域
标签
更新于: 2026-03-20能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 构建空间邻域图
- 执行Leiden聚类
- 合并表达图
- 计算轮廓分数
- 平滑域边界
- 比较聚类方法
- 寻找标记基因
- 注释域
- 可视化聚类结果
输入
- 空间转录组数据
- AnnData对象
- 基因表达矩阵
- 空间坐标
输出
- 域标签
- 聚类分配
- 可视化图表
- 标记基因列表
- 轮廓分数
要求
- Python 3.x
- Squidpy
- Scanpy
- NumPy
- SciPy
- scikit-learn