bio-workflow-management-snakemake-workflows - 使用 Snakemake 编写可复现的生物信息学流程。
使用输出模式规则、通配符、检查点、资源升级以及 conda 或容器部署编写 Snakemake 生物信息学流程。
标签
更新于: 2026-10-06能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 编写 Snakemake 流程
- 按输出模式连接规则
- 使用通配符扩展样本
- 用检查点处理未知输出
- 诊断重新运行触发条件
- 重试时升级资源
- 使用 conda 或容器部署软件
- 迁移 Snakemake 执行命令
输入
- 目标文件
- 样本元数据
- 配置文件
- 输入数据集
- 资源与重试设置
- 软件环境规格
- 执行后端设置
输出
- Snakemake 工作流文件
- DAG 与试运行结果
- 生物信息学结果文件
- 执行日志与报告
- 作业调度状态
要求
- Snakemake 8.0 或更高版本
- Python 3.11 或更高版本
- 版本兼容的命令行接口与 API
- 使用时所需的 conda 或容器运行时
- 选择时所需的执行器或存储插件