cellchat - 使用 CellChat 分析细胞间通信
从单细胞或空间转录组数据中分析、可视化并比较配体-受体细胞间通信网络。
标签
更新于: 2026-10-08该技能可以做什么
- 构建 CellChat 对象
- 推断配体-受体通信
- 聚合通路信号
- 分析信号中心性
- 发现通信模式
- 比较多个数据集
- 适配不同细胞组成
- 可视化通信网络
- 聚类通路相似性
输入
- 带注释的 Seurat 对象
- SingleCellExperiment 对象
- 计数矩阵
- 细胞级元数据
- 细胞类型标签
- 物种选择
- 信号类别
- 条件特异数据集
输出
- 带注释的 CellChat 对象
- 配体-受体通信概率
- 通路级通信概率
- 置换检验 p 值
- 聚合通信矩阵
- 信号中心性评分
- 通信网络图
- 比较图和结果表
- CellChat RDS 文件
要求
- R 4.1 或更高版本
- CellChat R 软件包
- ComplexHeatmap 软件包
- NMF 软件包
- circlize 软件包
- 使用 Seurat 输入时需 Seurat v4 或 v5
- 绘制嵌入图时需 umap-learn