pysam - 基因组文件处理工具包
读写 SAM/BAM/CRAM 比对、VCF/BCF 变异、FASTA/FASTQ 序列用于 NGS 数据处理
标签
更新于: 2026-06-15能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 打开比对文件
- 打开变异文件
- 打开序列文件
- 按区域获取读取
- 按区域查询变异
- 提取参考序列
- 按质量过滤读取
- 按条件过滤变异
- 计算覆盖度统计
- 执行 pileup 分析
- 写入比对文件
- 写入变异文件
- 转换序列格式
- 执行 samtools 命令
- 执行 bcftools 命令
输入
- BAM 文件
- SAM 文件
- CRAM 文件
- VCF 文件
- BCF 文件
- FASTA 文件
- FASTQ 文件
- BED 文件
- GTF 文件
- GFF 文件
- 索引文件
- 基因组坐标
输出
- 过滤后的比对
- 过滤后的变异
- 提取的序列
- 覆盖度统计
- Pileup 结果
- 修改的 VCF/BCF 文件
- 转换后的文件格式
- 排序的 BAM 文件
- 索引的 BAM 文件
要求
- Python 环境
- 随机访问需文件索引