pysam - 基因组数据处理工具包
读写 SAM/BAM/CRAM 比对、VCF/BCF 变异、FASTA/FASTQ 序列，用于 NGS 数据处理流程
标签
更新于: 2026-06-15能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读取比对文件
- 写入比对文件
- 获取基因组区域
- 按质量过滤reads
- 计算覆盖度统计
- 执行pileup分析
- 读取变异文件
- 写入变异文件
- 按区域查询变异
- 访问基因型数据
- 按条件过滤变异
- 查询参考序列
- 按区域提取序列
- 读取FASTQ文件
- 执行samtools命令
- 执行bcftools命令
- 创建索引文件
- 排序BAM文件
输入
- BAM文件
- SAM文件
- CRAM文件
- VCF文件
- BCF文件
- FASTA文件
- FASTQ文件
- 已索引的基因组文件
输出
- 比对统计
- 覆盖度数据
- 过滤的reads
- 变异注释
- 过滤的变异
- 提取的序列
- 质量报告
- 排序的BAM文件
- 索引文件
要求
- Python环境
- pysam包
- htslib库
- 随机访问需索引文件