pysam - 基因组文件处理工具
读写基因组文件、查询区域、计算覆盖度，用于NGS数据处理
标签
更新于: 2026-06-15能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读取对齐文件
- 写入对齐文件
- 读取变异文件
- 写入变异文件
- 读取序列文件
- 写入序列文件
- 查询基因组区域
- 提取序列
- 计算覆盖度
- 执行pileup分析
- 筛选读取
- 筛选变异
- 执行samtools命令
- 执行bcftools命令
输入
- BAM文件
- SAM文件
- CRAM文件
- VCF文件
- BCF文件
- FASTA文件
- FASTQ文件
- 索引文件
- 基因组坐标
输出
- 对齐文件
- 变异文件
- 序列文件
- 提取的序列
- 覆盖度统计
要求
- Python环境
- htslib
- 索引文件