pysam - 用于读写与处理基因组数据集的 Python 模块
通过 htslib 的 Python 接口读写和处理 SAM/BAM/CRAM 比对文件、VCF/BCF 变异文件与 FASTA/FASTQ 基因组序列。
标签
更新于: 2026-09-21能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 读写比对文件
- 进行 Pileup 覆盖度分析
- 读写变异文件
- 查询基因组区域的变异
- 按坐标提取参考序列
- 执行 samtools 与 bcftools 命令
输入
- 比对文件
- 变异文件
- 序列文件
- 索引文件
- 基因组坐标
输出
- 比对文件
- 变异文件
- 提取的基因组序列
- 覆盖度统计数据
- 控制台输出信息
要求
- Python 环境
- 安装 pysam 软件包
- 随机访问所需的索引文件
