scanpy - 使用 Scanpy 进行单细胞 RNA 测序数据分析
Scanpy 是基于 AnnData 的 Python 工具包，提供从质量控制到轨迹分析的完整单细胞 RNA-seq 数据分析工作流。
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更新于: 2026-09-24该技能可以做什么
- 加载单细胞 RNA 测序数据集
- 执行质量控制与数据过滤
- 标准化与缩放表达数据
- 筛选高变基因
- 计算 PCA UMAP 与 t-SNE
- 执行 Leiden 细胞聚类
- 识别聚类标记基因
- 注释细胞类型
- 推断细胞发育轨迹
- 生成单细胞可视化图表
输入
- 单细胞 RNA-seq 数据文件
- 10X Genomics 矩阵文件
- AnnData h5ad 文件
- CSV 表达数据文件
- 标记基因列表
输出
- 处理后的 AnnData h5ad 文件
- 细胞元数据 CSV 文件
- 基因元数据 CSV 文件
- 出版级 PDF 图表文件
要求
- Python 运行环境
- scanpy 软件包
- pandas 软件包
- numpy 软件包