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案例技能关于
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scanpy - 使用 Scanpy 进行单细胞 RNA 测序数据分析

Scanpy 提供单细胞 RNA 测序数据分析工具,包含质量控制、归一化、降维、聚类、可视化及轨迹分析。

标签

更新于: 2026-09-24
python单细胞scrna-seq生物信息学anndatascanpy

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 加载单细胞数据集
  • 执行质量控制过滤
  • 归一化基因表达数据
  • 降低数据维度
  • 聚类单细胞数据
  • 识别标记基因
  • 注释细胞类型
  • 推断细胞轨迹
  • 生成单细胞图谱

输入

  • 单细胞 RNA 测序数据文件(.h5ad、10X、CSV)
  • 质量控制参数
  • 标记基因列表
  • 批次注释

输出

  • 处理后的 AnnData 文件(.h5ad)
  • 细胞与基因元数据 CSV 文件
  • 单细胞可视化图表(PDF)

要求

  • Python 环境
  • Scanpy 软件包
  • Pandas 软件包
  • NumPy 软件包

来源

  • 规范: SKILL.md

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