scanpy - 使用 Scanpy 进行单细胞 RNA 测序数据分析
Scanpy 提供单细胞 RNA 测序数据分析工具,包含质量控制、归一化、降维、聚类、可视化及轨迹分析。
标签
更新于: 2026-09-24能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载单细胞数据集
- 执行质量控制过滤
- 归一化基因表达数据
- 降低数据维度
- 聚类单细胞数据
- 识别标记基因
- 注释细胞类型
- 推断细胞轨迹
- 生成单细胞图谱
输入
- 单细胞 RNA 测序数据文件(.h5ad、10X、CSV)
- 质量控制参数
- 标记基因列表
- 批次注释
输出
- 处理后的 AnnData 文件(.h5ad)
- 细胞与基因元数据 CSV 文件
- 单细胞可视化图表(PDF)
要求
- Python 环境
- Scanpy 软件包
- Pandas 软件包
- NumPy 软件包
