tiledbvcf - 存储、查询和导出基因组变异数据
使用 TileDB-VCF 存储、查询和导出 VCF/BCF 文件中的基因组变异数据。
标签
更新于: 2026-09-28该技能可以做什么
- 创建 TileDB-VCF 数据集
- 导入单样本 VCF/BCF 文件
- 增量添加样本
- 查询基因组区域和样本
- 筛选变异属性
- 导出 VCF/BCF 或 TSV
- 列出样本和统计信息
- 计算等位基因频率
- 执行样本质量控制
输入
- 单样本 VCF/BCF 文件
- VCF/BCF 索引文件
- 数据集 URI
- 基因组区域
- 样本名称
- 变异属性
- 导出格式和输出目录
- 云存储凭据
输出
- TileDB-VCF 数据集
- 查询得到的变异表
- 导出的 VCF/BCF 或 TSV 文件
- 样本列表和数据集统计信息
- 等位基因频率结果
- 样本质量控制结果
要求
- TileDB-VCF Python 或 CLI 接口
- TileDB-Py 及相关依赖包
- 带索引的单样本 VCF/BCF 输入
- 适用时的云存储身份验证