bio-chip-seq-motif-analysis - ChIP-seq/ATAC-seq 基序分析
使用 HOMER 和 MEME 识别基因组峰数据中富集的 DNA 序列基序
标签
更新于: 2026-05-11该技能可以做什么
- 查找富集基序
- 与数据库比较基序
- 扫描基因组匹配
- 从峰区提取序列
- 运行从头发现
- 创建自定义基序
- 生成基序Logo
- 可视化基序结果
输入
- ChIP-seq 峰
- ATAC-seq 峰
- 基因组组装
- 背景区域
- BED 文件
- 基序数据库
- 参考基因组 FASTA
输出
- 基序文件
- 富集统计
- HTML 报告
- 注释峰文件
- 基序出现位点
- 序列 Logo
- P 值结果
要求
- 已安装 HOMER
- 已安装 MEME suite
- 已安装 bedtools
- 已配置基因组
- 基序数据库
- Python（可选）