bio-hi-c-analysis-compartment-analysis - 使用 cooltools 从 Hi-C 数据中识别 A/B 染色质区室
利用 cooltools 特征向量分解从 Hi-C 接触矩阵中检测 A/B 染色质区室并定量区室化强度。
标签
更新于: 2026-09-19能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 计算染色质区室特征向量
- 使用 GC 含量定向区室
- 提取 AB 区室分类
- 计算区室化鞍图
- 计算区室强度得分
- 绘制特征向量轨迹图
- 导出区室分类文件
- 比较不同样本间的区室
- 关联区室与基因表达数据
输入
- mcool 格式的 Hi-C 接触矩阵
- 参考基因组 FASTA 文件
- 参考基因组染色体大小信息
- 基因表达数据
输出
- BED 格式的区室分类文件
- bedGraph 格式的特征向量轨迹文件
- 鞍图图像文件
- 区室轨迹图像文件
- 区室强度得分
- 样本比较及区室切换标注
要求
- Python 环境
- cooler 0.9+
- cooltools 0.6+
- matplotlib 3.8+
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- scipy 1.12+
- bioframe