bio-single-cell-clustering - 单细胞RNA测序聚类分析
使用Seurat和Scanpy进行单细胞RNA测序降维和聚类
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更新于: 2026-03-20能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 运行PCA分析
- 计算方差比例
- 可视化PCA
- 确定PC数量
- 计算邻域图
- 执行Leiden聚类
- 执行Louvain聚类
- 计算UMAP
- 可视化UMAP
- 计算tSNE
- 可视化tSNE
- 执行PAGA分析
输入
- 预处理的单细胞RNA测序数据
- H5AD文件(Scanpy)
- RDS文件(Seurat)
输出
- 聚类结果
- PCA坐标
- UMAP坐标
- tSNE坐标
- 聚类可视化图表
要求
- Python或R环境
- Scanpy库
- Seurat库