bio-splicing-pipeline - RNA-seq可变剪接分析流程
从FASTQ到差异剪接结果的端到端可变剪接分析流程
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更新于: 2026-03-25能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 修剪FASTQ序列
- 比对RNA-seq数据
- 检测剪接位点饱和度
- 运行差异剪接分析
- 过滤显著事件
- 生成sashimi图
- 分析异构体转换
输入
- FASTQ文件
- STAR基因组索引
- GTF注释文件
- 样本条件列表
- 参考BED文件
输出
- 比对BAM文件
- 差异剪接分析结果
- Sashimi图表PDF
- 质控报告
- 过滤事件表
要求
- STAR 2.7.11+
- fastp 0.23+
- rMATS-turbo
- numpy 1.26+
- pandas 2.2+
- ggsashimi
- 可选: IsoformSwitchAnalyzeR