scanpy - 使用 Scanpy 分析单细胞 RNA 测序数据
执行单细胞 RNA 测序的质控、标准化、降维、聚类、差异表达、可视化及 R 格式到 h5ad 的转换。
标签
更新于: 2026-09-29该技能可以做什么
- 执行质量控制
- 标准化表达数据
- 计算 PCA 嵌入
- 计算 UMAP 嵌入
- 计算 t-SNE 嵌入
- 使用 Leiden 聚类细胞
- 识别聚类标记基因
- 注释细胞类型
- 推断轨迹和伪时间
- 生成单细胞图表
- 导出处理后数据
输入
- h5ad 文件
- 10X Genomics 数据
- CSV 表达矩阵
- R 单细胞对象
- 细胞元数据
- 基因元数据
- 标记基因列表
- 分析参数
输出
- 处理后的 h5ad 文件
- 细胞元数据 CSV 文件
- 基因元数据 CSV 文件
- 分析图表
- 聚类分配结果
- 标记基因结果
- 细胞类型注释
- 轨迹分析结果
要求
- Python 3.12 或更高版本
- anndata 0.10 或更高版本
- Scanpy 软件包
- Leiden 聚类依赖
- 转换 R 原生输入所需的 R 工具