scanpy - 使用 Scanpy 进行单细胞 RNA 测序分析
执行单细胞 RNA 测序的质量控制、预处理、降维、聚类、差异表达、可视化和格式转换流程。
标签
更新于: 2026-10-01能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 执行质量控制
- 标准化表达数据
- 筛选高变基因
- 执行降维分析
- 聚类细胞
- 识别标记基因
- 注释细胞类型
- 校正批次效应
- 推断细胞轨迹
- 生成可视化图
- 转换为 h5ad 文件
- 聚合伪批量计数
输入
- 单细胞表达数据集
- h5ad 文件
- 10X 文件
- CSV 文件
- R 单细胞对象
- 分析参数
- 批次标签
- 基因特征集
- 细胞类型映射
输出
- 处理后的 h5ad 文件
- 质量控制图
- 降维图
- 细胞聚类结果
- 标记基因 CSV 文件
- 细胞类型注释
- 伪批量矩阵
- 分析图表
要求
- Python 3.12 或更高版本
- scanpy 1.12.x
- anndata 0.10 或更高版本
- Leiden 聚类所需的 python-igraph 和 leidenalg
- 转换 R 原生对象所需的 R 工具