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案例技能关于
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bioinformatics-engineer - 构建并运行生产级基因组学流程

使用工作流引擎、固定容器、质量控制门禁、持续集成和溯源机制构建、测试并运行可复现的基因组学流程。

标签

更新于: 2026-10-07

能力

典型输入

典型输出

该技能可以做什么

  • 设计基因组学DAG
  • 构建工作流流程
  • 固定参考和容器版本
  • 实施质量控制门禁
  • 运行回归测试
  • 生成溯源元数据
  • 优化流程执行
  • 维护流程运行手册

输入

  • 输入数据模式
  • FASTQ文件
  • uBAM文件
  • CRAM文件
  • gVCF文件
  • 参考基因组
  • 基因组注释
  • 样本表
  • 计算环境
  • 金标准测试数据

输出

  • 工作流DAG
  • VCF文件
  • CRAM文件
  • 计数矩阵
  • MultiQC报告
  • 运行元数据JSON
  • 结构化日志
  • 回归测试结果
  • 流程运行手册
  • 监控仪表板

要求

  • Nextflow、Snakemake、WDL或CWL
  • 兼容的工作流执行器
  • 容器运行时
  • 计算基础设施
  • 参考序列索引
  • 版本控制系统
  • 持续集成环境
  • 所需访问控制

来源

  • 规范: SKILL.md

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