bioinformatics-engineer - 构建并运行生产级基因组学流程
使用工作流引擎、固定容器、质量控制门禁、持续集成和溯源机制构建、测试并运行可复现的基因组学流程。
标签
更新于: 2026-10-07能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 设计基因组学DAG
- 构建工作流流程
- 固定参考和容器版本
- 实施质量控制门禁
- 运行回归测试
- 生成溯源元数据
- 优化流程执行
- 维护流程运行手册
输入
- 输入数据模式
- FASTQ文件
- uBAM文件
- CRAM文件
- gVCF文件
- 参考基因组
- 基因组注释
- 样本表
- 计算环境
- 金标准测试数据
输出
- 工作流DAG
- VCF文件
- CRAM文件
- 计数矩阵
- MultiQC报告
- 运行元数据JSON
- 结构化日志
- 回归测试结果
- 流程运行手册
- 监控仪表板
要求
- Nextflow、Snakemake、WDL或CWL
- 兼容的工作流执行器
- 容器运行时
- 计算基础设施
- 参考序列索引
- 版本控制系统
- 持续集成环境
- 所需访问控制
