scvelo - 单细胞RNA速度分析工具
从未剪接/已剪接mRNA动力学估计单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换
标签
更新于: 2026-06-30能力
典型输入
典型输出
该技能可以做什么
- 加载数据
- 过滤和归一化
- 计算矩
- 估计速度
- 计算速度图
- 恢复动力学
- 计算潜在时间
- 排序速度基因
- 计算速度置信度
- 计算速度伪时间
- 绘制速度嵌入
- 绘制速度流
- 计算PAGA图
- 绘制相位图
- 计算转移概率
输入
- 计数矩阵
- 已剪接RNA
- 未剪接RNA
- loom文件
- AnnData对象
输出
- 速度向量
- 速度图
- 潜在时间
- 速度伪时间
- 速度置信度
- 驱动基因排序列表
- PAGA图
- 速度可视化图
要求
- Python环境
- scvelo包
- scanpy包
- 已剪接和未剪接RNA数据
- UMAP坐标