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  • archr - 使用 R 和 ArchR 分析 scATAC-seq 数据
    单细胞 ATAC-seqRArchR表观基因组学

    ★ 98 · 更新于 2026-10-01

    运行基于 R 的 scATAC-seq 流程,包括 Arrow 文件、降维、聚类、基因评分、峰调用、基序分析、chromVAR、足迹分析、整合和轨迹分析。

    ⚙ 创建 Arrow 文件⚙ 推断双细胞⚙ 运行迭代 LSI
  • pysam - 基因组数据处理工具包
    生物信息学基因组学NGS测序

    ★ 399 · 更新于 2026-06-15

    读写 SAM/BAM/CRAM 比对、VCF/BCF 变异、FASTA/FASTQ 序列,用于 NGS 数据处理流程

    ⚙ 读取比对文件⚙ 写入比对文件⚙ 获取基因组区域
  • pysam - 基因组文件处理工具包
    生物信息学基因组学NGS比对分析

    ★ 14 · 更新于 2026-06-15

    读写 SAM/BAM/CRAM 比对、VCF/BCF 变异、FASTA/FASTQ 序列用于 NGS 数据处理

    ⚙ 打开比对文件⚙ 打开变异文件⚙ 打开序列文件
  • pysam - 基因组文件处理工具
    生物信息学基因组学测序NGS

    ★ 55 · 更新于 2026-06-15

    读写基因组文件、查询区域、计算覆盖度,用于NGS数据处理

    ⚙ 读取对齐文件⚙ 写入对齐文件⚙ 读取变异文件
  • bio-longread-qc - 长读长测序数据质量控制
    生物信息学长读长测序质量控制ONT

    ★ 0 · 更新于 2026-03-21

    使用NanoPlot、NanoStat和chopper对长读长测序数据进行质量控制

    ⚙ 读取FASTQ文件⚙ 读取BAM文件⚙ 读取测序摘要文件
  • bio-longread-qc - 长读长测序质量控制工具
    长读长测序质量控制NanoporePacBio

    ★ 2 · 更新于 2026-03-21

    使用 NanoPlot、NanoStat 和 chopper 对长读长测序数据进行质量控制

    ⚙ 生成读长分布图⚙ 创建质量得分图⚙ 计算汇总统计信息